O Departamento de Química oferece a Licenciatura em Química e a Licenciatura em Bioquímica (em parceria com o Departamento de Biologia), para além de assegurar o ensino da Química em várias licenciaturas das Escolas de Ciências e de Engenharia.
A nível de 2º ciclo, o departamento oferece o mestrado em Química Medicinal, o mestrado em Técnicas de Caracterização e Análise Química e ainda o mestrado em Bioquímica Aplicada (em parceria com o Departamento de Biologia).
O Departamento de Química colabora em dois cursos de 2º ciclo transversais à Escola de Ciências: Mestrado em Ciências – Formação Contínua de Professores com três áreas de especialização distintas (Física e Química, Biologia e Geologia e Matemática) e o Mestrado em Ciências e Tecnologias do Ambiente.